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大陸稅務機關通過關聯交易申報審核、同期資料管理和利潤水平監控等手段，對企業實施特別納稅調整監控管理，重點關注具有關聯交易金額較大或者類型較多；低於同行業利潤水平；與低稅國家（地區）關聯方發生關聯交易；未按照規定進行關聯申報或者準備同期資料等風險特徵的企業。對於實際稅負相同的境內關聯方之間的交易，一般不作特別納稅調整。因此，台商可通過規劃關聯交易金額、交易價格、交易對象及交易結構來規避關聯交易查核風險。

對大陸官方來說，「避稅」與逃稅或漏稅不同，逃稅或漏稅是具體可衡量的行為，具有一定法律風險；避稅則需要人為主觀判斷，不同判斷者會有不同彈性，沒有一致標準。

台商在大陸的避稅行為，免不了與境外移轉定價發生關係，台灣的移轉定價可以透過會計師查核報告說明，因此對被認定為避稅的衝擊較小；大陸由於會計師還未具備社會公信力，官方未採取與台灣相同方式，也就是透過會計師查核報告說明移轉定價行為（注釋1：2009年1月8日，稅務總局發布《特別納稅調整實施辦法（試行）》（國稅發〔2009〕2號），要求自2008年1月1日起，符合條件的企業須按納稅年度準備、保存，並按稅務機關要求提供其關聯交易的同期資料，該辦法首次明確了轉讓定價同期資料的準備要求。
2016年6月29日，稅務總局發布《關於完善關聯申報和同期資料管理有關事項的公告》（稅務總局公告2016年第42號），在2號文的基礎上，對同期資料的相關事項進行了補充與完善。並明確年度關聯交易金額符合下列條件之一的企業，應當準備本地文件:
（一）有形資產所有權轉讓金額（來料加工業務按照年度進出口報關價格計算）超過2億元。
（二）金融資產轉讓金額超過1億元。
（三）無形資產所有權轉讓金額超過1億元。
（四）其他關聯交易金額合計超過4,000萬元。
實務中，編制同期資料報告的方式主要有兩種：企業自行編制，諮詢公司或事務所等相關專業人員協助編制），使台商一旦被認定涉嫌避稅，因無法取得其他佐證，往往只能依從稅務單位裁決結果補稅。

既然在大陸因移轉定價導致被認定避稅的風險不可能消除，只能朝減少被認定是移轉定價，或降低被認定的金額努力。對台商來說，要降低移轉定價牽扯出的稅務風險，關鍵是如何規劃合理的交易結構。台資企業在大陸的交易結構是否具有高度稅務風險，可從幾個方面分析：

1、往來對象：如果公司財務報表上的採購或銷售方，都是單一境外公司，那不管這個境外公司是海外具實體法律地位的母公司，或大陸通稱為離岸公司的第三地免稅天堂公司，都極有可能被稅務單位判定刻意避稅。最好的做法是，豐富財務報表上的往來對象，無論如何，往來方在一定比例上必須是真實的採購或銷售方，也可以按產品或客戶毛利率高低，作為交易結構中的往來方，在非維持移轉定價的無奈情況下，常見作法是保留少部分高毛利率客戶繼續採用移轉定價模式，但將大部分客戶還原在財務報表上的往來方，不管最後選用那種方式，都會比財務帳上完全採移轉定價，或完全關聯交易的交易結構要少風險。

2、在大陸設立貿易公司：其實台商以免稅天堂公司作為交易方，業務模式和一般貿易沒有差別，在浦東或經濟特區（海南、深圳、汕頭、廈門、珠海）都還是15％所得稅率時（注釋2：隨著2008年1月1日實施新《企業所得稅法》及其實施條例，上述規定已廢止），不少外商將移轉定價的交易方，由境外改為上述這些低稅率地區設立的貿易公司，這些貿易公司因是大陸實體法人，被認定為移轉定價的機率大幅下降，尤其是在上海外高橋物流園區（不是保稅區）開放外商設立獨資貿易公司，或設立在外高橋保稅區內的貿易公司，也可在物流園區內設立分公司後，很多原本貨物要透過物流園區再回到大陸的台商，過去因交易方都透過境外公司，被認定為移轉定價的稅務風險極高；如採用將出口方改為物流園區內註冊的貿易公司，且用自己已設立的企業去控股這個貿易公司，形成母公司對子公司間的交易，一來因為同是中國法人，二來母公司對子公司銷售，報表最後會併回母公司，被認定是避稅的風險將大幅降低。

交易結構的規劃核心是利潤在何地產生？考慮到人民幣升值趨勢，利潤應在大陸境內產生，及剛通過的新企業所得稅法中，以大篇幅強調要嚴查反避稅的決心後，台商有必要將移轉定價、關係人交易、企業所得稅等涉及交易結構的重要因素重新考量，才不會被認定為是刻意避稅導致稅務風險。