台商投資受兩岸稅務影響
台商投資大陸的架構中包含台灣及大陸稅務居民，因此兩岸的稅法規定勢必牽動著台商在兩岸的布局規劃，以多數台商採取的間接投資架構來說，在台灣反避稅條款實施前，於免稅天堂設立的境外公司仍有延遲繳稅的效果，但反避稅條款實施後，境外公司的所得將直接在台灣課稅，大幅改變過去的課稅方式，過去的租稅規劃有特定的時空背景，台商需要同時關注兩岸的稅法變化，以判斷是否需要調整及如何符合法令的申報要求。
兩岸稅務關係看似獨立運作，互不相干，但任何一方的稅務法令變動，對台商投資大陸都會造成影響。舉例來說，台灣公司的所得稅稅率是25％，沒有任何優惠措施，但台商在大陸屬於外商，自然享受如兩免三減半，或類似15％低稅率等稅收好處，這正是台商過去願意將訂單移至大陸，從大陸取得企業利潤的原因。（注釋1：台灣營利事業所得稅自2018年起調整為20％。）
自2008年1月1日起，大陸執行內外資企業所得稅併軌，也就是「兩稅合一」後，在兩岸都是25％的企業所得稅稅率，同樣沒有優惠政策，台商勢必會重新思考如何在兩岸間分配訂單。（注釋2：台灣的兩稅合一是營所稅與綜所稅合一，公司繳納的稅負可在個人扣抵。）
類似因兩岸稅務聯動引發的問題，還可從個人所得稅上得到印證。近期很多台灣公司，都被台灣稅務單位要求，刪除台灣帳上派駐大陸台幹的薪水及個人費用。雖然依台灣法令規定，人不在台灣工作，個人成本及費用當然不得進入台灣公司成本，但將台幹薪資從台灣公司帳上移除後，因費用降低而要多繳的公司所得稅還是小事，真正麻煩的是這些派駐大陸台幹的台灣退休金，或是勞健保等個人問題該何去何從？
就算將台幹薪資全數移往大陸發放，又會造成台幹在大陸多繳個人所得稅的窘境。實務中，這些外派的個人所得稅最後還是得比照歐、美、日企業派駐大陸幹部模式，由企業自己承擔，這部分因為不能當成費用稅前列支，一方面會減少財簽上的企業會計利潤，還會增加稅簽上的稅務利潤（多繳稅）。
另一方面，台灣2007年起對保留盈餘執行全新課稅規定，將直接衝擊在大陸台商，台商過去將大陸的利潤匯回台灣，才會被課徵在台灣的營利事業所得稅，也才有後續的當年度盈餘未分配，要課10％保留盈餘稅金的規定。但今後台商在大陸只要當年度產生利潤，即使未分配匯回台灣，台灣控股的母公司就會因財簽承認這些利潤被課徵10％的保留盈餘稅金。如此一來，在大陸的台商將陷兩難，因為大陸人民幣升值趨勢明確，台商在大陸的盈餘多以「未分配利潤」或「應付股利」的人民幣形式持有，如果按台灣新規定，台商雖然在大陸賺了人民幣升值的匯差，卻賠了在台灣的10％保留盈餘稅金。（注釋3：台灣自1998年起開始對未分配盈餘課稅，初期以課稅所得計算未分配盈餘稅，後期修改以會計利潤為計算基準，另自2018年起稅率調整為5％及取消兩稅合一，營利事業繳納的所得稅不可於個人綜合所得稅中抵扣。）
台商在大陸莫不積極爭取各種大陸官方給予外商的稅收優惠政策，特別是「兩稅合一」在2008年到2012年的五年過渡期間，台商仍可適用過去優惠政策。但大陸子公司透過合法節稅規劃利潤，今後卻會讓台灣母公司多被課徵10％保留盈餘稅金，最終勢必會衝擊台商整體利潤。
只要台灣公司持股大陸子公司不足20％，或由台灣個人透過第三地公司進到大陸投資的台商，上述課徵10％保留盈餘稅金的新法便無法適用。可以預見，降低大陸投資持股比率，或規劃以個人投資大陸而非以台灣公司投資大陸，將是台商因應兩岸稅務政策變化的選擇之一。