加工貿易新制與物流園區新規
保證金台帳分為「空轉」和「實轉」兩類，其中「空轉」無須繳納台帳保證金或提供銀行保函；「實轉」須繳納台帳保證金或提供銀行保函，企業增加了保證金占用的資金成本。之前台商在選擇物流園區出口還是深加工結轉，只是從出口產品對應的進項稅額、退稅率、出口收入、保稅材料採購金額、物流、報關等費用進行綜合測算，「實轉」的企業還需增加保證金占用的資金成本進行綜合測算，從而選擇對企業最有利的貿易方式。
台商常混淆保稅區、出口加工區與物流園區三者的功能，台資企業不管是將貨物運進保稅區，或是與註冊在保稅區內的企業進行交易，都屬於大陸境內交易，不視為出口；貨物必須進到出口加工區及物流園區內，才會被官方視為真實出口，允許辦理出口退稅。
大陸官方設立保稅區目的，是為解決進口貿易及轉口貿易時的保稅問題，出口加工區是為讓外商可以將工廠直接設在區內，利用境外採購保稅、境內採購供貨方可以辦理出口退稅的優勢，直接降低區內企業生產成本；而物流園區純粹是為了解決過去貨物到「香港一日遊」辦理出口退稅後，再進口的不便，也就是節省企業辦理出口退稅所需的運輸及時間成本。
即將實施的加工貿易新限制，是將過去的保稅政策轉變為保證金制度，也就是產品在官方公布的二千多項限制範圍內的企業，將不得再以保稅方式進口原材料，必須依一般貿易情況，以繳納的關稅及增值稅為保證金計算基礎，依不同的海關評級繳納相對應比例的保證金（A、B級為50％，C級為100％）。（注釋：根據《關於取消加工貿易銀行保證金台帳制度有關事宜的公告》（海關總署公告2017年第33號）規定，自2017年8月1日起，取消海關加工貿易銀行保證金台帳制度，具體分析如下：
1、適用商務部、海關總署公告2015年第63號規定實施保證金台帳「空轉」的企業，今後辦理加工貿易手冊既無需開設台帳，也無需提供擔保。
2、取消「保證金台帳」制度並非取消「保證金」制度，根據海關總署《關於保證金台帳「實轉」管理事項轉為海關事務擔保事項有關手續》（海關總署公告2018年第18號），適用63號公告保證金「實轉」的企業仍需繳納保證金，只是不需要開設保證金台帳而已。
33號公告取消保證金台帳制度後，免除了企業往返銀行的人力和時間成本，降低了企業的手續費用。企業辦理手冊的速度大大提高，從而促進加工貿易創新發展。）
此次規定最關鍵的是來料、進料企業都得執行保證金制度，但深加工結轉的企業可不適用，也就是說，深加工結轉企業即使在限制目錄範圍內，仍可依過去保稅政策進口原材料。
這次加工貿易新限制取消空轉（保稅）改採實轉（保證金）後，台商規劃自己貿易模式，也就是物流路徑時會產生兩難，一方面如果仍遵循過去模式，從國外進口部分原材料，也在大陸境內採購部分原材料，加工後經物流園區再交貨給境內客戶，如果產品剛好在公布的限制範圍內，這種模式雖經過物流園區，最後可以爭取到出口退稅，但在進口貨物時必須先繳納保證金（實轉）。
如不經物流園區，而是加工後直接以深加工結轉模式交貨給境內客戶，雖然符合上面所說的，深加工結轉企業可不適用此次保證金制度，也就是即使產品在公布的限制範圍內，也無需在進口時繳納保證金，但如此一來，因沒有經物流園區，也無法被認定有出口事實，就無法爭取出口退稅，將使台商喪失在境內採購原材料時就已繳納進項稅。
未公布「實轉」規定前，台商貿易模式相對單純，就是儘量透過物流園區，以爭取出口退稅為第一目標，現在台商必須要多想想，萬一自己被列入限制範圍內，到底是要以爭取出口退稅，也就是透過物流園區較有利呢？還是以深加工結轉方式直接交貨給客戶，放棄出口退稅，改以免繳進口時的保證金，降低資金壓力較有利？
這些都有賴台商對自己的資金情況、大陸境內採購比例等因素仔細計算後，才能在「出口退稅」與「保稅」間做出選擇。