59號文衝擊台商納稅
2008年兩稅合一後，大陸稅務機關陸續出台財稅〔2009〕59號、國稅函〔2009〕698號等針對股權重組業務的文件，與之前的稅法規定相比變化較大。發生在2008年前後一、二年內的股權重組大多都會被稅務機關要求補稅，主要原因為出台時間晚且倒帶到2008年1月1日起執行，讓台商措手不及；境外股權轉讓穿透執行，即使「外轉外」的股權重組也被納入大陸稅務機關的徵稅範圍。建議台商在股轉前將方案與當地稅務機關進行溝通，以避免不符合特殊性稅務而產生的稅務損失。
59號文是繼2008年1月1日實施「新企業所得稅法」、2009年2月執行「特別納稅調整實施辦法」（關聯交易與移轉定價的涉稅事項）後，又一個嚴重衝擊台商納稅的新規定。
其中最特別的是59號文比照「特別納稅調整實施辦法」，也回溯到2008年1月1日起實施。也就是說，雖然59號文是在今年4月30日才公布，但只要在2008年1月1日後所發生的企業合併、資產重組或是股權轉讓等涉及股權發生變化的行為，都有可能被要求補交金額不等的稅款。
對台商來說，59號文的關鍵在於過去不管是真正發生股權轉讓，將股權賣給獨立第三方，或是在同一控制下變更境外股東所有權人，在原境外母公司與大陸子公司間，插入香港公司以爭取利潤匯出所得稅從10％降5％的節稅利益，都將面臨被課徵股權變化過程中的企業所得稅。
過去，不管是上述哪種股權轉讓行為，只要股權買賣雙方約定交易是以淨資產做為股權價格計算基礎，基本上都是免稅；但59號文對於前者將股權真實賣給第三方的行為，除了稅務局有權核定所謂「公允價格」外，就算交易雙方約定以淨資產作為交易價格並無任何溢價，最終還是得按淨資產和註冊資本間的差距課徵10％的企業所得稅。
至於後者，也就是在同一控制下的股權重組行為，59號文並沒有具體規定。嚴格說起來，同一控制下的股權重組行為，對原股東來說，在交易過程中未產生任何實質收益，自然不該有稅收問題，但從目前各地稅務局對59號文的執行尺度與解釋邏輯仍未統一來看，還是存在可能納稅風險。台商應從以下兩層面留意稅務風險：
1、降低淨資產規模
就像上面所說，既然是針對淨資產和註冊資本間差距進行課稅，那在執行股權轉讓或投資者變更前，就應想辦法儘量降低淨資產規模。常見作法就是將未分配利潤進行分配，許多企業因現金週轉吃緊，分配利潤作法採取將未分配利潤分配進入「應付股利」科目中即可，不用真實走現金流，也可以達到降低淨資產的目的。（注釋1：根據《關於非居民企業所得稅源泉扣繳有關問題的公告》（稅務總局公告2017年第37號）規定，非居民企業取得應源泉扣繳的所得為股息、紅利等權益性投資收益的，相關應納稅款扣繳義務發生之日為股息、紅利等權益性投資收益實際支付之日。）
2、據理力爭註冊資本的匯率計算時間點
如果淨資產與註冊資本的差距不大，就算要繳10％的所得稅，只要和日後從香港公司取得降低5％利潤匯出所得稅的稅務利益相比較（注釋2：利潤匯出到香港母公司享受5％稅收優惠，需要取得香港稅收居民證明，依據《關於執行稅收協定股息條款有關問題的通知》（國稅函〔2009〕81號）規定，納稅人需要享受規定的稅收協定待遇的，應同時符合以下條件：
（一）可享受稅收協定待遇的納稅人應是稅收協定締約對方稅收居民；
（二）可享受稅收協定待遇的納稅人應是相關股息的受益所有人；
（三）可享受稅收協定待遇的股息應是按照中國國內稅收法律規定確定的股息、紅利等權益性投資收益），在還是划算的情況下，納稅前要注意匯率差異對最後稅款計算的影響，許多台資企業的註冊資本是以1比8.27的匯率結匯，但稅務局往往要求以近期的1比6.82匯率作為納稅計算基礎，這中間的差距會讓台商多繳很多稅，但各地稅務局對此看法不一，台商可以據理力爭。（注釋3：根據《關於非居民企業所得稅源泉扣繳有關問題的公告》（稅務總局公告2017年第37號）股權淨值是指取得該股權的計稅基礎。股權的計稅基礎是股權轉讓人投資入股時向中國居民企業實際支付的出資成本，或購買該項股權時向該股權的原轉讓人實際支付的股權受讓成本。取得收入的非居民企業在主管稅務機關責令限期繳納稅款前自行申報繳納應源泉扣繳稅款的，應當按照填開稅收繳款書之日前一日人民幣匯率中間價折合成人民幣，計算非居民企業應納稅所得額。）
最後要注意的是，雖然59號文是針對股權發生變化所衍生的企業所得稅問題，和利潤匯出所得稅是兩碼子事，但由於納稅主體都是境外股東，境內子公司只是盡到幫境外股東代扣代繳的義務，但兩者還是可以拿來進行比較，如果最後稅務局還是出文要求同一控制下的股權重組必須繳稅，但和每年節省5％的利潤匯出所得稅比起來，到底有沒有稅務利益，還是得視企業未來每年的利潤情況才能決定。