台商在大陸進行稅務規劃，可從「關稅、增值稅、企業所得稅」三個台商納稅最多的稅種下手，這其中又以進口機器設備時要繳納的關稅與增值稅最為重要。因為原物料或零配件的進口增值稅，或是大陸境內銷售過程中的增值稅，最後都可以透過抵扣或出口退稅來降低納稅衝擊，而企業所得稅也因為大陸政府給與外商生產性行業特殊優惠待遇，從累積獲利年度起享受兩年免稅三年半稅（兩免三減半），而將納稅壓力延至企業獲利才實現，但台商進口機器設備時繳納的17％增值稅及相應的關稅，卻可能是在剛開業，什麼錢都還沒賺到的情況下，支出一大筆稅金，這對台商來說無疑是項沉重的壓力，再加上進口設備繳納的增值稅不能抵扣，這些都是造成台商最先關心進口設備能不能取得免稅額度的原因。

台商能不能取得進口設備免稅額度的關鍵，是來自於企業設立之初，向所在地外經貿主管機關（中央是商務部，省級是外經貿廳，上海稱為外資委，地級市或縣級市稱為外經貿局）申請被認定為鼓勵類（大陸官方將外商依不同行業區分為允許類、鼓勵類、限制類、禁止類），接著核發「國家鼓勵發展項目確認書」，這張鼓勵類確認書中，會載明進口設備適用免稅的營業範圍、正確的免稅額度及可以使用免稅額度的時間，台商根據取得的鼓勵類確認書，在進口機器設備時，向海關辦理進口設備免稅的其他手續。

實務中，台商過去不管是被認定為鼓勵類，或是取得進口設備免稅額度等，都不是件難事，但從2006年4月起，進口設備免關稅額度的規定與執行已發生重大變化：

審批機關上升至省級外經貿廳

過去除非是重大投資，也就是投資總額超過3,000萬美金以上（不是註冊資本）的公司設立申請，才需要從地方外經貿局送至上一層外經貿主管機關或北京商務部審批，核發批准證書（先取得外經貿主管機關核發的批准證書後，才能去工商局換發營業執照），認定為鼓勵類及核發鼓勵類確認書，那時，審批公司設立或增資等投資行為，核發批准證書與核定鼓勵類及發給鼓勵類確認書的外經貿主管機關都是相同單位。但從今年起，以江蘇省為例，地級市（無錫、蘇州…）或縣級市（昆山、吳江、太倉…）外經貿局已無權核發鼓勵類確認書，須全權交由南京的江蘇省外經貿廳審批，也就是地方外經貿局遇到申請進口設備免稅額度時，只負責收件，再轉呈省外經貿廳做最後決定。

免稅金額降低及可使用免稅額度的時間縮短

之前台商取得的免稅額度，大多是投資總額就等於免稅額度，但新的免稅額度計算方法是用投資總額減去流動資金，再減去購買土地、廠房建築等預算，最後剩下真正會拿來購買進口設備的金額才是現在的免稅額度。簡單地說，就算台商現在能被認定為是鼓勵類，但免稅額度和過去比較起來已大幅被縮減，台商不可能再像過去一樣，享有與投資總額相等的高額免稅額度。值得一提的是，很多台商利用增資取得更多免稅額度，但實務中發現，雖然過去已被認定為鼓勵類，但很多台商在將增資案送到南京外經貿廳或北京商務部時，在認定為鼓勵類及取得免稅額度上都被打了回票。

其次，過去鼓勵類確認書上的免稅額度有效期間，都是和營業執照上的經營年限相當，大部份台商都是30年、50年不等的經營年限，所以免稅額度的使用期限並不會很緊張，但最近取得鼓勵類確認書的台商發現，免稅額度有效時間已改以所謂的「建設期」（從開業到廠房建設完成為止）為計算標準，有五年，也有三年，因此和免稅額度被縮減是一樣，免稅額度的有效期間也被大幅擠壓。

除了進口設備時的關稅與增值稅外，大陸境內銷售或採購所產生的17％增值稅，是嚴重影響台商的另一個稅種，尤其是對那些在大陸境內採購物料，產品直接出口或是結轉出口的台商，能否取得出口退稅，或是能取得多少出口退稅，都直接影響到企業本身在國際市場的競爭力。

所謂出口退稅指的是透過產品出口，退回之前境內採購物料所繳納的增值稅，官方根據產業政策或是國家重點扶持行業的規劃，針對不同產品給予不同退稅率，有的是17％全退，也有是徵17％退13％，或是徵17％退11％，甚至是只有退9％，台商在決定大陸境內交易結構時，出口退稅必須是首先要考慮的重點：

決定自己的企業是「來料」加工模式 還是「進料」加工模式

來料加工指的是原材料完全由境外委託方提供，以保稅方式進口到來料加工廠加工後，再出口給境外委託方，或直接在境內結轉給下一個工廠，來料加工以賺取加工費為主要獲利來源，而進料加工的原物料則是完全自己採購，賺的是產品加工後的增值利潤，台商在決定自己到底適合來料模式還是適合進料模式時，要先知道來料的稅務基本原則是「免稅不退稅」，進料則是「免、抵、退」。

其次是回頭統計自己採購的原材料，到底是從國外保稅進口多，還是在大陸境內採購多，如果是全部保稅進口，則企業可以考慮以來料加工方式，或是直接將工廠設立於「出口加工區」作為投資規劃基礎，但只要台商有一定比例是從大陸境內採購，就會面臨必須以出口退稅方式，拿回之前已支付的增值稅，才能維持產品毛利率。換言之，如果是依賴大陸境內採購物料的台商，便一定要把來料轉為進料，否則就根本連申請出口退稅的資格都沒有。

結轉不視為直接出口

結轉又稱為深加工結轉或轉廠，結轉指的是將零配件或半成品等的產品銷售給最後完整產品出口的企業，結轉和內銷不同，結轉開的是出口專用發票，內銷則是一般增值稅發票，結轉的物流如果沒透過「物流園區」而直接交運給下一個客戶，則不但不被視為出口，更不能退稅。台商早期為了要取得這部份退稅，硬是把貨物千里迢迢用卡車運至香港，以形成出口事實，也才能申請出口退稅，稱為「香港一日遊」。

但因為物流園區的產生，台商現在已不再需要到香港一日遊，目前，很多保稅區都成立了物流園區，連沒有保稅區的蘇州，也成立了大陸第一個內陸型的物流園區， 「物流園區」和「出口加工區」在大陸稅務規定上都可視為境外，因此產品只要運進物流園區或出口加工區，就等於是直接出口，除了可以直接收匯外，更重要是克服了過去結轉不算出口，也不能退稅的不利情況。另外，台商還要注意，上海與江蘇在結轉方面執行的細則不同，江蘇省境內執行結轉的企業，開的是出口專用發票，而上海大部份實施結轉企業開的則是增值稅專用發票。

最後對台商影響很大的稅種是企業所得稅，企業所得稅是台商在大陸要繳納的稅種中，規劃空間最大，也是最可以合法爭取納稅權益的稅種。大陸的企業所得稅稅率可分為30％、24％、15％三種，但最後還要再加上3％的地方所得稅。企業所得稅稅率不同，主要是因為企業註冊地點不同，例如國家級開發區的稅率為15％，其他大部份生產性行業都是24％的稅率。另外，行業不同也會造成稅率上的差異，像是服務貿易業在大陸就沒有任何稅收優惠待遇，除了稅法規定在海南、深圳、廈門、珠海、汕頭及實務上在海浦東新區的所得稅稅率為15％外，其他地區的服務貿易業都是33％的稅率，台商進行企業所得稅的節稅規劃，應分為延長優惠期限、退稅及降低稅率三方面著手：

延長優惠期限

一般外商製造業在大陸可享受兩免三減半的優惠政策，但台商如果可以在兩免三減半結束前，取得「先進技術型企業認定」（科學委員會認定），那兩免三減半的優惠期限就可以延長為兩免六減半，也就是再增加三年的半稅優惠期限。如果台商是以外銷導向為主，那只要台商當年度的出口金額占全年度營業額的70％以上，就可以被認定為「出口型企業」，只要取得出口型企業認定，當年度也是半稅，因此如果台商一直都保持出口型企業認定的條件，那自然也就一直都是半稅，不管是「先進技術型企業」與「出口型企業」，這兩張資格證書是台商在大陸要延長所得稅優惠期限最重要的條件。

退稅

台商只要取得上面所說的「先進技術型企業」及「出口型企業」認定，除了當年度半稅外，當年稅後盈餘如果不匯回境外母公司，而是直接轉增資自己，則之前繳的半稅還可以再100％退回，但如果台商這兩種認定都不滿足條件，則仍可以退回之前繳納企業所得稅的40％。

降低企業所得稅稅率

台商的企業所得稅稅率如果是30％或是24％，則可以思考在屬於鼓勵類前題下，利用增資到3000萬美金，向國家稅務總局申請降低稅率到15％，或是高新技術開發區內設立的企業，只要取得「高新技術企業」認定，也可以直接享受15％的最低稅率，還有取得科委所謂「雙密企業」認定，也是所謂的兩個密集型企業（知識密集與技術密集），也都可以使企業所得稅稅率降至15％。