外資企業如果接受境外關聯公司技術人員（以下簡稱入境工作人員）提供的研發技術服務，理應支付該境外技術人員薪資，但若境外技術人員薪資已由境外關聯公司支付，為使成本分攤反映實際情況，該外資企業有必要向境外關聯公司支付其已代墊的薪資。

但根據國家外匯管理局《關於跨國公司非貿易售付匯管理有關問題的通知》（匯發[2004]62號）（以下簡稱《通知》）的規定，符合條件的跨國公司及其境內關聯公司才可以向所在地外匯管理局申請辦理向境外關聯公司支付代墊工資及福利津貼。換句話說，並非所有企業都能向自己的境外關聯公司直接支付代墊薪資費用。

《通知》規定的跨國公司是指同時在境內外擁有關聯公司，且由一家在中國境內的關聯公司行使其全球或區域（含中國）投資管理職能的企業集團，包括中資控股企業集團（即中資跨國公司）和外資控股企業集團（即外資跨國公司）。

「跨國公司境內關聯公司」包括外資跨國公司在境內設立的分公司、外匯跨國公司控股或參股（參股比率不低於25%，下同）的外商投資企業、外資跨國公司境外總公司或境外關聯公司在境內設立，並委託其管理的分公司、外資跨國公司境外總公司或境外關聯公司在境內控股或參股，並委託其管理的外商投資企業、中資跨國公司在境內設立的分公司，控股或參股的公司。

「跨國公司境外關聯公司」包括外資跨國公司境外總公司、外資跨國公司境外總公司在境外設立的分公司、控股或參股的公司、中資跨國公司在境外設立的分公司、控股或參股的公司。

在上海，經過上海市商務委員會認定的跨國公司地區總部（包括外商投資性公司和符合條件的外商投資管理性公司）、外商投資先進技術企業、外商投資產品出口企業，由國家外匯管理局上海分局進行單一外商投資企業資格認定後，亦可按照《通知》的規定辦理境外代墊工資及福利費的購匯匯出手續。

境內企業償還境外企業代其墊付的入境工作人員薪資時，應就此部分薪資在中國代扣代繳個人所得稅，取得完稅憑證並辦理外匯管理局核准件後，才可以通過銀行向境外企業支付其代墊的薪資。若境外企業在代墊入境工作人員薪資時，已經按照所在國規定繳納了個人所得稅，則可以依照該國和中國的稅收協定以及中國的稅法規定辦理抵扣。辦理完稅憑證時，稅務機關若認為入境工作人員已構成境外企業派駐在中國的機構、場所，則應就境內企業向境外企業支付之金額繳納營業稅，並在核定利潤率後按照25%稅率繳納企業所得稅。

如上面所說，按照通知規定支付境外關聯企業代墊薪資，需要滿足一定條件，且需要代扣代繳個人所得稅或按照常駐機構場所課稅，所以實務中境內企業通過勞務費、諮詢服務費、佣金等方式向境外企業支付入境工作人員報酬的方式較多。只要不涉及被認定為常駐機構場所，向境外支付勞務費、諮詢服務費除一樣需要繳納5%的營業稅外，企業所得稅稅率是10%，至於佣金則只需繳納5%的營業稅即可。