外商轉讓在大陸公司的股權為避免課稅，往往會在股權轉讓協議中約定按照註冊資本的價值轉讓，但從2009年底國家稅務總局發布698號文後，稅務機關對不合理的股權轉讓價格，可依法進行稅務調整。目前實務中，大都是按照大陸公司的淨資產重新核定轉讓價格，再減去股權出讓方的出資金額，或其購買股權時的實際支付金額，如果大陸公司有未分配的利潤，或稅後提存的各項基金隨股權一併轉讓，則此部分不能作為成本扣除。

698號文頒布至今已有四個多月，實務中，稅務機關對外商轉讓股權進行涉稅管理的幾個重點，可進行如下的歸納分析：

一、辦理「稅務證明」
外商將大陸公司的股權轉讓給境內企業或個人，境內企業或個人應支付給外商股權轉讓款，應經外匯管理部門核准後才能匯出。當在外匯管理部門辦理此項外匯核准件時，外匯管理局會要求申請人提交稅務機關出具的「服務貿易、收益、經常轉移和部分資本項目對外支付稅務證明」，該「稅務證明」須在付款方所在地稅務機關辦理，以確定付款方是否須代扣代繳稅款。稅務機關在出具該證明時，便會對股權轉讓價公允性進行審核，通常還會要求出具專項審計報告。

二、專項審計報告
稅務機關在股權轉讓過程中要求提交專項審計報告，針對大陸公司股權轉讓定價基準日的資產狀況進行審計。

因股權轉讓協議確定的定價基準日不同，造成稅務機關判斷股權轉讓定價是否公允的公司淨資產狀況也隨之不同，故應注意選擇好定價基準日，並在股權轉讓協議中明確約定。可能的話，應盡量將股權轉讓定價基準日定在年度的最後一天，因為這一天依法已準備年度審計報告，則專項審計報告只需要轉換格式即可。

另外，應注意兩種特殊情況，一是對於虧損企業，實務中稅務機關仍會要求準備專項審計報告；其次是對於外商在境外間的股權轉讓，因無須對外付匯並辦理「稅務證明」，則稅務機關可能在辦理大陸公司稅務變更登記時，要求提交專項審計報告。

三、股款支付證明
稅務機關為了進一步核實股權轉讓定價的真實性，還會在辦理有關稅務事項時，要求付款方提交股款支付的憑證，如果實際交易價格遠高於股權轉讓協議約定價格，且股款已按照實際金額支付完畢，就可能難以提供與股權轉讓協議一致金額的股權支付憑證。這部分須在辦理股權轉讓時特別注意，應做好事先規劃，以備稅務機關有此要求時，能及時提供相應支付憑證。

四、說明股權轉讓定價公允性
稅務機關在判斷股權轉讓定價是否公允時，還可能要求相關當事人說明定價依據，以此判斷定價是否公允、合理。許多台資企業的股東變更後，主營業務也發生變化，需要處理機器設備等固定資產，此時處理價格可能遠遠低於帳面價值，所以股權轉讓定價可能確實會低於淨資產。為了免於被稅務機關做稅務調整面臨課稅，應事先做好充分的解釋準備，像是準備好設備出售合約、相對應的發票及付款證明等。

五、無代扣代繳人時須自行報稅
為了進一步加強稅收徵管，698號文還規定，如果股權購買一方在支付股權轉讓款時沒有代為扣繳稅款，或者股權交易雙方都在境外，則股權出讓一方應在股權轉讓協議約定的股權轉讓之日起七日內，到大陸公司所在地稅務機關自行申報納稅。