兩稅合一後，為了協調總公司與分公司繳納企業所得稅時，稅務利益分配的問題，國家稅務總局於2008年3月10日發布了「跨地區經營匯總納稅企業所得稅徵收管理暫行辦法」，從2008年1月1日開始，分公司的所得稅將不再由總公司匯總繳納，而是分別在分支機構所在地進行預繳，但上海及昆山的稅務機關在執行過程中產生了相當程度的落差。

按照上述規定，總公司有獨立生產經營的部門，而且收入、工資和資產或管理部門都能清楚分開核算，那就可以將這個部門視為同一個分支機構，就地預繳企業所得稅，反之若無法獨立核算，便不就地預繳企業所得稅。另一方面，總公司和分公司在預繳企業所得稅時，應按50%在各分公司間分攤預繳，剩下的50%則由總公司預繳。

此外，總公司應按照以前年度（1-6月份按上上年度，7-12月份按上年度）分公司的收入、職工工資和資產總額三個因素，計算各分公司應分攤所得稅款的比例，這三個因素所占的權重比例依次為35%、35%、30%。

雖然如此，上海稅務機關執行該項政策時，是按總公司先取得50%的應納稅所得額，之後總公司再視同為一個分公司，由總公司與分公司按照收入、職工工資和資產總額三個因素一起分攤另外的50%應納稅所得額。至於昆山稅務機關則是按由總公司取得50%的應納稅所得稅額，之後總公司不再視為一個分支機構，而是由分公司按收入、職工工資和資產總額三個因素分攤另外的50%應納稅所得額。所以，在同等情況下，總公司註冊在上海的企業會比在昆山分攤較多的應納稅所得額。
舉例來說，B是A的分公司，總公司A的企業所得稅率為15%，分公司B的企業所得稅率為25%。A與B的收入、職工工資和資產總額均為3：1，也就是A與B的分攤比例分別為75%：25%。2008年一季度，A和B共計實現應納稅所得額為500萬元，則根據公司註冊地不同分別計算如下：
一、A註冊在上海，B註冊在昆山，則
（1）A的應納稅所得額＝500×50%＋500×50%×75%＝437.5萬元。
（2）B的應納稅所得額＝500×50%×25%＝62.5萬元。
（3）A、B共須繳稅企業所得稅＝437.50×15%＋62.50×25%＝81.25萬元。

二、A註冊在昆山，B註冊在上海，則
（1）A的應納稅所得額＝500×50%＝250萬元。
（2）B的應納稅所得額＝500×50%＝250萬元。
（3）A、B共須繳稅企業所得稅＝250×15%＋250×25%＝100萬元。

由上例很容易看出，上海及昆山因執行上的落差，會由於註冊地不同，而導致總公司與分公司的應納稅所得額不同，當稅率出現差異時，還會導致繳稅總額不同。而且在上海公司所得稅率低於昆山公司的情況下，將總公司設立在上海會對企業比較有利；在上海公司所得稅率高於昆山公司情況下，總公司則選擇註冊在昆山對企業比較有利。