雖然「免、抵、退」的定義全國一致，但浙江、上海、江蘇三地在出口退稅計算過程中，涉及保稅料件組成計稅價格的確認方法卻各有堅持，浙江稅務局對保稅料件組成計稅價格採用「購進法」，上海及江蘇稅務機關則採用「實耗法」。

浙江的「購進法」定義為企業根據稅務機關審核的「進口報關單」，作為確認保稅料件組成計稅價格的依據，也就是保稅料件組成計稅價格為實際進口保稅材料金額，手冊核銷後企業根據海關核銷的相關資料調整保稅料件組成計稅價格。另外，浙江稅務機關規定，免抵退稅額不得免徵和抵扣的稅額大於零時，可結轉至主營業務成本，反之則應在次月當作免抵退稅不得免徵和抵扣稅額的抵減額。如果企業當月被稅務機關認可的保稅料件組成計稅價格大於當月出口收入時，不僅延遲免抵退稅額不得免徵和抵扣稅額結轉至主營業務成本；同時，免抵退稅額為負數，即使企業期末留抵稅額為負數，也無法獲得出口退稅。浙江企業只有在期末留抵稅額為負數且免抵退稅額為正數時，可獲得出口退稅。

至於上海及江蘇的「實耗法」，是企業按照加手冊備案的計畫進口總值、計畫出口總值計算出保稅材料的計畫分配率（計畫分配率＝計畫進口總值÷計畫出口總值），再算出「保稅料件組成計稅價格＝出口收入×計畫分配率」。手冊核銷後企業根據海關核銷的相關資料計算實際分配率，並根據實際與計畫分配的差異調整保稅料件組成計稅價格。在此方法下，免抵退稅額將始終為正數，企業在期末留抵稅額為負數且有免抵退稅額時，可獲得出口退稅。

舉例來說，某企業在2008年1-6月所發生經濟業務如下：
1. 手冊計畫進口保稅材料600萬元人民幣（下同），計畫出口收入1500萬元。
2. 1月、4月分別進口保稅材料300萬元。
3. 每月採購非保稅材料100萬元，並取得增值稅進項稅額17萬元。
4. 每月領用保稅材料100萬元。
5. 1-5月分別領用非保稅66萬元、發生工資製造費用42萬元；6月領用非保稅材料70萬元、發生工資及製造費用40萬元。
6. 當月投入產品全部完工且全部銷售，每月出口收入250萬元。
7. 產品退稅率為13%，企業出口產品可在次月取得「出口報關單退稅聯」並進行退稅申報，企業的所得稅率為25%。