工廠搬遷最麻煩的是稅務和海關問題。企業在向原稅務主管機關提出搬遷申請後，要先完成所得稅的匯算清繳和最近一期的增值稅申報工作，配合稅務機關進行查帳並繳銷相關發票，之後才能取得稅務機關核發同意遷出的函。

但要注意從向原稅務主管機關申請辦理註銷手續開始，一直到新稅務登記手續辦理完畢期間，由於原發票已經繳銷，新發票又還未申領，企業是無法對外開立發票，也就是會影響到日常業務的開展。另一方面，因為增值稅不能漏報，所以務必在上一期增值稅申報完畢後，到新一期增值稅申報時間到來前，完成新的稅務登記手續，手續問題加上時間壓力，及對業務所可能造成的衝擊，是為何稅務問題已成為每個要搬遷的工廠首先得面對的挑戰。

其次，海關所涉及的免稅機器設備移轉問題也很令企業頭痛。外商投資企業自己進口的免稅設備，如果在搬遷時已過了海關監管期，那可在海關遷移手續辦理完畢後，直接搬運至新地址。但對那些還在監管期內的免稅設備，則必須按照海關規定，辦理免稅設備結轉手續。各地海關對於免稅設備結轉手續各有不同，工廠搬遷中須先與新的海關主管機關溝通，確認具體辦理手續，並確認設備移轉中是否需要使用專門的監管車輛運輸，再向原海關申請辦理免稅機器設備結轉手續，最後才向新主管海關申請辦理「免表」。

值得一提的是，有些台商為了在工廠搬遷過程中也能正常營業，會事先於新地址註冊一家工廠，甚至是設立一家獨立核算的生產性分公司，用來申請取得發票，或是將免稅設備結轉過去或申請異地監管，以新公司或分公司名義進行業務操作，直至工廠搬遷完畢且確認經營走上正軌後，再將新工廠或分公司註銷。如果是選擇新設工廠，則要注意新工廠會有註冊資金到位問題。另一方面，新設工廠是否還能順利取得鼓勵類項目確認書，也就是能否具有足夠的免稅設備額度，還都是未知數，萬一原本就屬於加工貿易A類企業，這種做法就更為不妥。因為新工廠不可能直接取得A類企業認定資格，也不能享受保證金「空轉」帶來的資金周轉優勢。

而如果選擇用分公司的形式進行過渡則會遇到更多問題，首先，生產性分公司在財務上獨立核算，即使原工廠尚處於稅收優惠期，分公司也不能享受總公司的稅收優惠；另外，將免稅設備轉移至分公司，必須向海關申請辦理免稅設備異地監管手續。但在實務操作中，大多數海關並不會受理此類申請，免稅設備仍須等到原工廠辦理海關手續時一併辦理結轉手續。