台商如何在稅務與資金間取得平衡
對於出口型的大陸台商，在規劃與境外關聯方的交易定價時，除需考慮出口退稅率對利潤的影響外，還需關注是否存在足夠的進項留抵稅額，以避免因產生免抵額而多繳納附加稅費。針對進項留抵稅額較多的台商來講，自2019年4月1日起，大陸試行增值稅期末留抵稅額退稅制度，可向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額，但實務中，申請退稅的公司除了需符合一定條件外，還要看各地主管稅務機關的態度，台商需與主管稅務機關進行事前溝通。
大陸官方對工廠的出口退稅採取「免、抵、退」做法，企業當月的可退增值稅額為當月出口收入乘以退稅率，如果當月累計的未抵扣增值稅進項稅，大於當月的最大可退增值稅額，那也只能退還金額較低的當月可退稅額，其餘未退回的增值稅進項稅可在帳上繼續累計，或是沖減內銷的增值稅額。
善用出口退稅 台商重要課題
有些台商會在大陸境內採購較多原料、模具甚至是機器設備等，這時就會取得大量的增值稅進項稅額，在擁有大量進項稅額情況下，台商如果還是循上述模式，將出口收入透過關聯交易隱藏於境外，使出口收入大幅下降，那之前已取得的進項稅，就無法及時通過退稅方式退還給台商（注釋1：根據《關於深化增值稅改革有關政策的公告》（財政部、稅務總局、海關總署公告2019年第39號），自2019年4月1日起，試行增值稅期末留抵稅額退稅制度，即符合一定條件的納稅人，可以向主管稅務機關申請退還增量留抵稅額），當然退稅金額就會減少，相對造成資金回籠週期拉長，從而占用境內資金，萬一台商又未利用大陸最新外匯政策，像是預收、應付、外債、人民幣信用證等方式，及時將境外低成本資金引入境內使用，而是轉向大陸本地銀行以7％至8％的高利率貸款，那原本想利用境外關聯交易達到避稅目的，在還未蒙其利前，就會先因資金不足和財務費用上升而先受其害。
但換另個角度分析，大陸台商也不見得拉高出口收入就一定會有利，必須視個別企業的交易結構和業務特性進行判斷，如果當月的出口退稅額度大於公司當月累計的可抵扣增值稅進項稅額，產生所謂的免抵額，這部分差額不但不能退稅，根據《國務院關於統一內外資企業和個人城市維護建設稅和教育費附加制度的通知》（國發〔2010〕35號）規定，台商還需另外繳納1％到7％的城建稅、3％的教育費附加和各地比率不等的教育費附加等，千萬別小看這些繳稅比例不高的小稅種，對一個外銷數額較大的台商來說，一年繳納這些小稅種上百萬人民幣是很常見的情況。（注釋2:上海區域內的企業實際未實施國發〔2010〕35號文，即調高收入增加的免抵額不會多繳納增值稅附加。）
如果公司的產品退稅率不是17％（注釋3：2018年4月4日，財政部、國家稅務總局聯合發布《關於調整增值稅稅率的通知》（財稅〔2018〕32號），自2018年5月1日起，原適用17％稅率且出口退稅率為17％的出口貨物，出口退稅率調整至16％。原適用11％稅率且出口退稅率為11％的出口貨物、跨境應稅行為，出口退稅率調整至10％。
2019年3月20日，財政部、國家稅務總局、海關總署聯合發布《關於深化增值稅改革有關政策的公告》（財政部稅務總局海關總署公告2019年第39號），自2019年4月1日起，原適用16％稅率且出口退稅率為16％的出口貨物勞務，出口退稅率調整為13％；原適用10％稅率且出口退稅率為10％的出口貨物、跨境應稅行為，出口退稅率調整為9％），而台商卻一味增加出口收入，將會直接增加企業的增值稅進項稅轉出金額，這影響就不只在公司資金層面了，而是會直接導致公司利潤降低，因此如何在企業增值稅進項稅額，與出口收入間進行平衡，達到既不影響企業資金，又不會多繳稅款，也就是在企業「稅務」與「資金」間取得平衡，是現階段大陸台商非常重要的議題。
檢討交易結構 避免繳冤枉稅
最後，若台商在大陸以外銷為主，且是通過關聯交易進行海外銷售，出現增值稅進項稅大量累積，無法通過出口退稅取回這些資金，或是台商發現自己一直繳納較多的城建稅、教育費附加等附加稅情況，那就必須檢討公司的關聯交易價格的定價是否有問題；如果台商以外銷或深加工結轉為主，並沒有關聯交易情況，卻仍然出現上述情況，那就必須檢討公司的交易結構，也就是訂單、貨物、資金、發票這四項要素的路徑是否有重新規劃的可能。