高新技術企業對台商重要性分析
首次申請或複審高新技術企業皆需適用國科發火〔2016〕32號文、國科發火〔2016〕195號文，技術相關的申報資料包括知識產權證書及反映技術水平的證明材料、參與制定標準情況；省級科研項目立項證明，對已驗收或結題項目需附驗收或結題報告；科研總體情況與轉化形式、應用成效的逐項說明；研發總體情況與五項指標符合情況的具體說明等。研發部門應有專人負責整理、保管上述資料，以便及時申請或複審高新技術企業。
台商都知道取得「高新技術企業認定」可以享受15％企業所得稅稅率，問題是台商常忽略高新技術企業認定不是一次認定就終生受用，高新技術企業的認定有時效性，每次有效期限為三年，三年期滿前三個月內，企業要自己提出複審申請，複審要提交最近三個會計年度有關技術創新的報告，和具有資質的會計師事務所出具的近三個會計年度企業研究與開發費用，及最近一個會計年度有關高新技術產品或高新技術服務收入的專項審計報告。（注釋1：根據科技部 財政部 國家稅務總局《關於修訂印發〈高新技術企業認定管理辦法〉的通知》（國科發火〔2016〕32號）規定，企業申請高新技術企業認定時，需提交以下資料：
（1）高新技術企業認定申請書；
（2）證明企業依法成立的相關註冊登記證件；
（3）知識產權相關材料、科研項目立項證明、科技成果轉化、研究開發的組織管理等相關材料；
（4）企業高新技術產品（服務）的關鍵技術和技術指標、生產批文、認證認可和相關資質證書、產品質量檢驗報告等相關材料；
（5）企業職工和科技人員情況說明材料；
（6）經具有資質的中介機構出具的企業近三個會計年度研究開發費用和近一個會計年度高新技術產品（服務）收入專項審計或鑒證報告，並附研究開發活動說明材料；
（7）經具有資質的中介機構鑒證的企業近三個會計年度的財務會計報告（包括會計報表、會計報表附注和財務情況說明書）；（8）近三個會計年度企業所得稅年度納稅申報表。）其中又以研發費用占年度銷售收入比例做為官方最關心的重點，已公布的複審要求中，取得高新技術企業認定的公司，若是年銷售人民幣5,000萬以下，研發費用占當年銷售收入比率須大於6％；年銷售收入在5,000萬和2億元間，須大於4％；若年銷售收入大於2億元，這個比例只要大於3％即可。（注釋2：根據科技部財政部國家稅務總局《關於修訂印發〈高新技術企業認定管理辦法〉的通知》（國科發火〔2016〕32號）規定，高新技術企業認定須同時滿足以下條件：
1、企業申請認定時須註冊成立一年以上；
2、企業通過自主研發、受讓、受贈、並購等方式，獲得對其主要產品（服務）在技術上發揮核心支持作用的知識產權的所有權；
3、對企業主要產品（服務）發揮核心支持作用的技術屬於《國家重點支持的高新技術領域》規定的範圍；
4、企業從事研發和相關技術創新活動的科技人員占企業當年職工總數的比例不低於10％；
5、企業近三個會計年度（實際經營期不滿三年的按實際經營時間計算，下同）的研究開發費用總額占同期銷售收入總額的比例符合如下要求：
（1）最近一年銷售收入小於5,000萬元（含）的企業，比例不低於5％；
（2）最近一年銷售收入在5,000萬元至2億元（含）的企業，比例不低於4％；
（3）最近一年銷售收入在2億元以上的企業，比例不低於3％。
其中，企業在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例不低於60％；
6、近一年高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入的比例不低於60％；
7、企業創新能力評價應達到相應要求；
8、企業申請認定前一年內未發生重大安全、重大質量事故或嚴重環境違法行為。）
實務中，稅務局常對已取得高新技術企業認定的台商查稅，重點除了釐清認定為高新技術企業費用項目的內容合不合理外，稅務局還會針對申請高新技術企業過程中，文件資料的真實性重新論證，特別是在大專以上學歷的科技人員，須占企業當年職工總數的30％以上，其中的研發人員又要占企業當年度職工總數10％以上，這兩項條件是台商最常被稅務局質疑的焦點。
除高新技術企業認定外，研發費用可以加計抵扣150％也是台商可以利用來節稅的作法（注釋3：財政部稅務總局科技部《關於提高科技型中小企業研究開發費用稅前加計扣除比例的通知》（財稅〔2017〕34號）規定，科技型中小企業開展研發活動中實際發生的研發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按規定據實扣除的基礎上，在2017年1月1日至2019年12月31日期間，再按照實際發生額的75％在稅前加計扣除；形成無形資產的，在上述期間按照無形資產成本的175％在稅前攤銷。財政部稅務總局科技部《關於提高研究開發費用稅前加計扣除比例的通知》（財稅〔2018〕99號）規定，在2018年1月1日至2020年12月31日期間，研發費用加計75％的優惠政策不再限於高科技型中小企業，而是擴大到所有企業），一般來說，只要具備研發費用加計抵扣條件的費用項目，都符合高新技術企業的費用項目，而且境外研發費用只要不超過全部研發費用的40％，境外研發費用也可以納入申請高新技術企業認定或研發費用加計抵扣的範圍。
對台商來說，常都是「台灣研發大陸生產」的分工模式，造成研發費用多由台灣總公司承擔，利潤卻都在大陸子公司的尷尬現象，最正確的作法是讓大陸子公司分擔部分研發費用，讓大陸台資企業委託台灣母公司進行研發，使大陸子公司光明正大的支付台灣母公司研發費用，既可增加大陸子公司費用有利於節稅，也有利於執行高新技術企業相關的節稅規劃，但若大陸子公司想在大陸上市的話，委託台灣母公司研發的作法，有可能遭來研發不夠獨立的質疑。
更新的作法是，從大陸回台灣設立研發子公司或研發分公司，從財務上把台灣的研發機構搬到大陸在台灣設立的子公司或分公司上，這兩者要留意財務處理的不同。首先，對台灣來說，分公司利潤匯往海外總公司不用再課稅；而海外子公司在台灣的利潤要匯出，須在台灣再課徵20％的利潤匯出所得稅（注釋4：自2018年度起，台灣公司的利潤匯出所得稅率由20％改為21％）；另一方面，對大陸來說，大陸公司設在海外的子公司或分公司，會計利潤上沒有什麼差別，都是合併報表，但大陸稅務局對於海外分公司的費用規定不予稅前列支，也就是海外分公司的費用不能減少納稅，但對於計劃在大陸上市的大陸台商來說，透過海外子公司或分公司進行研發費用的認列卻是最符合研發獨立的要求。