回台設機構 選項多
大陸台資企業既可直接回台也可通過香港子公司間接回台設立機構，機構的形式包括子公司、分公司、辦事處，無論哪種形式皆需經大陸商務部、國家發改委核准後方能回台設立機構。自2018年度起，台灣的營利事業所得稅率已由17％調整為20％；分公司利潤匯出為免稅，但子公司利潤匯出需扣繳股東的所得稅，扣繳率由20％調整為21％。整體比較，設立子公司需資金真實出資到位且稅務成本最高，企業回台需根據自身需要選擇合適的機構形式。
大陸台資企業回台設立子公司外，也可設立分支機構，分支機構的選項可以是分公司或辦事處，除須考慮子公司需要資金真實出資到位，分公司或辦事處不用外，「稅」也該是個考量重點。
設立在台的子公司所產生的利潤須按25％營利事業所得稅納稅；至於分公司，盈餘須匯回總公司，所以大陸台資企業設立在台灣的分公司沒有扣繳問題；辦事處因不能從事業務行為，只有費用沒有收入，自然沒有課稅問題。（注釋1：自2018年度起，台灣的營利事業所得稅率已由17％調整為20％；分公司利潤匯出為免稅，但子公司利潤匯出需扣繳股東的所得稅，扣繳率由20％調整為21％。）
台商也可選擇不以大陸設立的公司主體回台灣設立子公司或分支機構，而是透過先設立香港子公司，再以香港法人主體名義到台灣設立子公司或分支機構，這樣做的好處是日後台灣子公司、分公司或辦事處需要資金時，香港外匯管理較大陸自由，可選擇在香港融資後匯進台灣，不用完全依賴大陸台資企業。
很難下結論說，大陸台資企業是回台設子公司好？還是分公司或辦事處好？因為每個企業的情況與需求都不同，如果是選擇設立子公司，那要留意最終留在以後年度的所得稅抵減數額，在實務中並無法確定何時可以抵減完畢，如果只是為了讓大陸台資企業能分擔在台灣所發生的費用，單從這個角度來看，回台設立分公司或辦事處會讓事情更單純。
這是由於日後分公司不需要像設立子公司那般，缺資金就得不斷增資，目前大陸官方已允許大陸法人以經常項目項下撥付分公司或辦事處日常營運資金理由付款到境外，回台設立分公司或辦事處，對解決台灣端長期以來為大陸墊付薪資、在台研發等費用問題能起到很大的作用。
依外管局規定，大陸台資企業對台灣子公司所投入的註冊資金，須在外管局辦理境外投資外匯登記、匯出資金核准手續，並以資本專項名義匯出資金。如果是對台灣分公司或辦事處所投入的資金，則按照《國家外匯管理局關於下發〈非貿易售付匯及境內居民個人外匯收支管理操作規程〉（試行）的通知》，向銀行提交經費匯出申請證明、商務部門批准設立台灣分公司的批文、經費預算書後，按照預算金額以經常項下名義匯出資金，匯出資金的金額雖然沒有明確限制，但須掌握在合理範圍內，才不會形成外匯管理的死角。（注釋2：外管局《關於進一步簡化和改進直接投資外匯管理政策的通知》（匯發〔2015〕13號）規定，自2015年6月1日起，取消境外直接投資項下外匯登記核准行政審批事項，大陸境內企業境外直接投資業務在獲得商務部門、發改委核准或備案後只需到銀行辦理外匯登記手續及後續帳戶開立、購付匯業務。）
在向商務部門申請審批時，需要提交可研報告，可研報告內容要對經費預算進行計畫。需要特別說明的是，辦事處和分公司同屬境外分支機構，台資企業如果是直接設立台灣辦事處，不需要經過投審會審批，但一樣可負責業務聯絡，只是不能像分公司因能從事業務活動而有經營收入。（注釋3：之前大陸商務部《境外投資管理辦法》（商務部令2014年第3號）規定：企業境外投資涉及敏感國家和地區、敏感行業的，實行核准管理。企業其他情形的境外投資，實行備案管理。實行核准管理的國家是指與中國大陸未建交的國家、受聯合國制裁的國家。必要時，商務部可另行公布其他實行核准管理的國家和地區的名單。需要說明的是，商務部尚未發布過該名單。實務中，台資企業在大陸商務部的業務系統統一平台進行境外投資信息填寫時，如選擇的投資目的地涉及商務部認定的上述敏感國家（地區），則系統將進行相應提示。
自2018年3月1日起，大陸台資企業境外投資还應適用國家發改委《企業境外投資管理辦法》（國家發展和改革委員會令第11號），大陸台資企業直接或通過其控制的境外企業投資敏感類項目需國家發改委核准，敏感類項目包括涉及敏感國家和地區、敏感行業的項目。首先，發改委並未在有關境外投資項目申報文件或指南中對上述應被列入敏感國家（地區）的範圍進行說明；其次，敏感行業的項目可參照國家發改委《關於發布境外投資敏感行業目錄（2018年版）的通知》（發改外資〔2018〕251號）。
11號令第十五條規定，投資主體可以向核准、備案機關諮詢擬開展的項目是否屬於核准、備案範圍，核准、備案機關應當及時予以告知。因此，大陸台資企業無論直接還是間接回台投資，若無法判斷是否涉及敏感類項目，則可以直接諮詢發改委，發改委有義務給予解答。）
大陸台資企業要直接回台設立分支機構，不僅要經過商務部門審批（還要通過國台辦審批），還要經過外管局對資金匯出境外的管制，到了台灣端，改為依陸資來台設立子公司和分公司的規定，須經過台灣投審會的審核。