台灣母公司面對大陸審計的重點
台灣上市櫃公司在大陸的子公司已接受台灣會計師查核多年，在兩岸會計準則差異不大的現况下，子公司ERP會以大陸會計準則進行設定，台灣會計師查核時再針對準則差異進行調整即可，實務上已很成熟不會增加財務太大負擔。另外台商常以台灣憑證在大陸入帳，需要注意是否被大陸稅局承認及是否需要在大陸繳納相關的稅負，以免後續被大陸稅務局剔除或要求補繳稅負。
大陸台商的審計包含台灣的財簽與稅簽，不同的是在大陸註冊成立的公司，無論規模大小、內資或外資，每年初都須由會計師事務所審計，因為會計師事務所審計後出具的審計報告，是每家企業在註冊地工商局進行聯合年檢時（每個地區工商局規定的聯合年檢時間不同，例如上海浦東新區是4月1日到5月30日，外高橋保稅區是4月10日到5月19日）必備的材料，但台灣不同。（注釋1：大陸國家工商總局2014年2月19日發出通知，自當年度3月1日起正式停止企業年度檢驗制度，另外根據《註冊資本登記制度改革方案》，企業年度報告公示制度正式取代企業年檢制度，一般企業已不需要為了年檢而取得當地審計報告。目前企業年度報告公示系在網上直接申報，通常每年4月1日至6月30日期間，登錄「國家企業信用信息公示系統-企業信息填報」（http://www.gsxt.gov.cn/annual-login.html），填報當年度投資經營信息。需要注意的是，相關數據信息將在商務、財政、稅務、統計、海關、外匯部門間實現共享。實務中，曾碰到企業因未進行聯合年檢，而造成無法將利潤分配匯出。）
簡單說，台灣成立的公司資本額超過新台幣3,000萬元以上才要財簽，全年營業收入淨額與非營業收入在新台幣1億元以上才需要稅簽。
以個人名義經第三地（境外公司）赴大陸設立公司的台商，對大陸公司進行年度審計時，與台灣有關聯審計問題較少，如果是由台灣公司經第三地赴大陸設立子公司，為大陸子公司審計時，常會發現類似因台灣ERP或因台灣發票等台灣母公司問題，造成的審計困擾，這些困擾同時也是台商在大陸財務管理上的風險。
1、ERP：ERP是目前台商整合兩岸財務控管遭遇的首要問題，一方面是因大陸員工在落實ERP程序要求時，執行力如何？因為ERP設定好後是固定模式，而且ERP自己不會思考或判斷，如果第一線現場敲單人員輸入不確實的資料，或跳過一些必要的數字採集手續保證各項數字正確性，則經由ERP解讀出來的數字也就不確實。
ERP另一個更大的問題是，許多台商特別是台灣上市上櫃公司，常要求大陸子公司嚴格貫徹台灣母公司對ERP的要求，忽略大陸子公司也必須面對大陸當地各種財稅會計的法律規定，通常ERP生成的財務報表，最後與大陸當地要求的財務軟體生成的財務報表產生極大差距，這種情況不僅對大陸子公司會產生稅務風險，對最後要出具的審計報告甚至台灣會計師到大陸進行年度查帳也有負面影響。其實，大陸會計制度這些年已趨國際化，與台灣會計制度差異也不大，財務人員只要每個月都分析當月ERP報表與大陸當地軟體出具的財務報表差異，在每年年度報表最後達成一致就可以。
2、台灣發票：台商有時會從台灣「手提」零配件、電腦等一類物品未向大陸海關申報就進入大陸子公司，如果最後是以台灣發票作為憑證入到大陸公司帳上，雖然財簽基於資產真實原則會承認，但稅簽還是不會承認，而且還會在稅前剃除，更重要的是這一類手提進入大陸為向海關申報的物品，都不能以合法外匯方式把貨款匯回台灣母公司，時間久了，金額變大後也就自然成為財務報表上的棘手問題。此外，實務中還發生過台灣母公司與大陸子公司共同承擔台灣會計師事務所的審計費用，但大陸子公司以台灣發票入帳後，卻被大陸稅務局要求為台灣會計師事務所補交10％的預提所得稅及5％的營業稅案例，因此台商在以台灣發票入帳到大陸子公司的過程中要格外留意。（注釋2：自2016年5月1日起大陸已全面實施營改增，大陸子公司支付台灣會計師費用需代扣代繳6％的增值稅、10％的預提所得稅，但增值稅的進項稅額可以抵扣。）