台商大陸納稅台灣可抵扣
台灣個人來源於大陸所得應倂同台灣來源所得課徵綜合所得稅，台灣公司來源於大陸的股息、紅利所得則需課徵營利事業所得稅，原則上在大陸已繳納的稅額可在台灣的應納稅額中抵扣。儘管未來兩岸租稅協議生效後可讓台商在大陸享有租稅優惠，但僅是將部分課稅權歸屬給台灣國稅局，減少在大陸繳納的稅負，最終整體承擔的稅負是以台灣的營所稅率或綜所稅率爲準，不會因適用租稅協議而減少。
不管是以一般的實體法人（工廠、貿易公司等）作為母公司、控股（投資）大陸境內其他企業，或是以「投資性公司」作為母公司控股關係企業，外商投資企業在大陸境內轉投資其他子公司，子公司獲利匯往境內母公司時，境內母公司的投資收入（股利）並不需再課徵所得稅。
這種大陸境內母子公司間避免雙重課稅的規定，會有助於在大陸有眾多子公司的台商，一方面為了人民幣升值等理由利潤不匯出境外，其次為了減少繳納2008年起的利潤匯出所得稅，則可以將境外控股結構改為境內控股模式。
但如果是由在台灣成立的公司，透過第三地境外公司進入大陸投資，則不需擔心利潤匯出所得稅的問題。因為依照台灣規定，兩岸雖未簽訂「雙重租稅優惠協定」，但台資企業在大陸繳納的利潤匯出所得稅，回到台灣可以進行抵扣相當明確。
因為大陸稅務機關課徵利潤匯出所得稅的主體是境外母公司，境內企業只是為境外母公司代扣代繳罷了。依台灣規定，只要真正的納稅主體是台灣公司（台資企業的境外母公司），收入最終納入台灣公司，則因投資收入而所繳納的稅種，最後都可以在台灣進行抵扣。就像「預提所得稅」一樣，台灣官方同意台灣公司在大陸子公司，所繳納的利潤匯出所得稅在台灣可以抵扣，是完全合乎稅務邏輯的作法。
其實，類似大陸納稅在台灣可以抵扣的稅種，還包含個人所得稅，也就是台灣居民在大陸繳納的個人所得稅，只要經法定公認證程序，回到台灣也可以抵扣在台灣該繳納的個人所得稅，條件是派駐大陸的台灣居民必須將在大陸薪資收入也在台灣進行申報。
但實務中，大部份派駐大陸台幹的薪資都被拆分為大陸與台灣兩部份，而且大陸領取的薪資多未在台灣申報，這才是導致台幹在大陸繳納個人所得稅，回到台灣卻無法抵扣的原因。
另外，當台灣母公司收取大陸子公司專利或商標權利金，特許權使用費或服務費（技術服務費、諮詢顧問費）時，要特別留意在大陸所繳納的預提所得稅，回到台灣也可以進行抵扣。
以服務費為例，各地稅務局對利潤率看法不一。一般都是核定利潤率為10％％、20％、30％三個級距，在目前法定所得稅稅率仍是33％（明年起為25％）情況下，諮詢服務費的預提所得稅稅率會是8.3％（10％×33％＋5％的營業稅稅率）、6.6％及14.9％三種，只要完稅後的利潤回到台灣，則同樣可以抵扣。（注釋1：大陸稅法對於非居民企業取得的服務費及權利金課稅規定已修改，彙總如下：1.大陸各地稅務局過去是依據國稅發（2007）104號對服務費課徵10％至30％的核定利潤率，現行規定是依據《非居民企業所得稅核定徵收管理辦法》（國稅發〔2010〕19號），稅務機關可按照以下標準核定非居民企業的利潤率：(1)從事承包工程作業、設計和諮詢勞務的，利潤率為15％至30％；(2)從事管理服務的，利潤率為30％至50％；(3)從事其他勞務或勞務以外經營活動的，利潤率不低於15％。稅務機關有根據認為非居民企業的實際利潤率明顯高於上述標準的，可以按照比上述標準更高的利潤率核定其應納稅所得額。
依《關於全面推開營業稅改征增值稅試點的通知》（財稅〔2016〕36號），自2016年5月1日起全大陸已實施營改增新制，支付境外諮詢服務費原本需課徵5％營業稅，已改課徵6％增值稅。）
最後值得一提的是，台商在大陸繳納的企業所得稅，回到台灣後並不像上述稅種能進行抵扣，也就是說，台商將大陸的稅後利潤匯回台灣，除利潤匯出所得稅在台灣可以抵扣外，必須再繳一次25％的「營利事業所得稅」。因為，在大陸繳納企業所得稅的主體是在大陸設立的台資企業，不是在台灣的母公司，台灣官方自然不允許抵扣。（注釋2：台灣營利事業所得稅稅率自2018年起調整為20％。）