高新技術企業新法對台商的影響
目前大陸企業申請高新技術企業主要適用《關於修訂印發〈高新技術企業認定管理辦法〉的通知》（國科發火〔2016〕32號）、《關於修訂印發〈高新技術企業認定管理工作指引〉的通知》（國科發火〔2016〕195號），較以前認定條件放寬：取消科技人員大專學歷要求；降低科技及研發人員占當年職工總數的比例；降低最近一年銷售收入小於5,000萬元（含）的企業研發費用占比，只要求最近一年高新技術產品（服務）收入占企業同期總收入的比例不低於60％。
過去取得高新技術企業，還必須設立在高新技術開發區中的公司才能享受15％的最低稅率，位處國家級開發區或某些經濟特區（浦東新區、深圳、珠海、汕頭、廈門、海南）也可以享受15％最低稅率；但新企業所得稅法取消上述優惠後，未來只有靠取得高新技術企業認定，才能享受15％的企業所得稅稅率。
至於過去利用高新技術企業加上高新技術開發區而適用15％稅率的公司，在未依新規定重新被認定高新技術企業前，不能按照2008年起的五年內，依18％、20％、22％、24％、25％稅率享受過渡期的納稅優惠，而是直接由15％跳到25％的統一稅率。
新版高新技術企業認定辦法，有權認定高新技術企業的官方層級與過去完全相同，都是在省級或直轄市認定即可，不像改制（由有限公司變更為股份有限公司）非得到商務部才有權審批（注釋1：《外商投資法》已於2020年1月1日施行，2020年1月1日起，不涉及國家規定實施外商投資准入特別管理措施（負面清單）的外商投資企業設立或發生變更，無需辦理外商投資企業設立或變更備案。如2019年12月31日前已在市場監管部門辦理設立或變更登記，但尚未辦理外商投資企業設立或變更備案的，仍可於2020年1月31日前通過外商投資綜合管理系統（網址：wzzxbs.mofcom.gov.cn）辦理備案。2020年1月1日起，外國投資者或者外商投資企業應根據《外商投資資訊報告辦法》及商務部《關於外商投資資訊報告有關事項的公告》要求，通過企業登記系統以及國家企業信用資訊公示系統向商務主管部門報送投資資訊）。
但未來高新技術企業的認定單位，由過去的科委（科學委員會）再加入稅務局及財政局兩單位，因為高新技術企業直接與減免稅收發生關係，必須納入這兩個專門管錢的單位一起審查。
台商如要依最新辦法申請高新技術企業認定，最好先申請「研發費加計抵扣」，新辦法中，企業申請高新技術企業必須要滿足研發費占總營業額一定比例的要求，但何謂研發費？那些費用名目可被統計進入研發費中，沒有詳細解釋（注釋2：《關於修訂印發〈高新技術企業認定管理工作指引〉的通知》（國科發火〔2016〕195號）明確高新技術企業的研發費用歸集範圍；《關於完善研究開發費用稅前加計扣除政策的通知》（財稅（2015）119號）明確可加計扣除的研發費用範圍，兩者研發費用的歸集範圍稍有不同），所以經科委立項後認定的研發費，除引用研發費加計抵扣可以多認列50％的費用（注釋3：《關於提高研究開發費用稅前加計扣除比例的通知》（財稅〔2018〕99號）規定，企業開展研發活動中實際發生的研發費用，未形成無形資產計入當期損益的，在按規定據實扣除的基礎上，在2018年1月1日至2020年12月31日期間，再按照實際發生額的75％在稅前加計扣除；形成無形資產的，在上述期間按照無形資產成本的175％在稅前攤銷），達到節稅目的外，在申請高新技術企業認定的過程中也會有很大的幫助。
上海浦東對高新技術企業有一套特殊優惠政策，凡2008年1月1日以後成立於浦東並取得高新技術企業認定的公司，從開第一張發票起，便享有過去外商最熟悉的「兩免三減半」優惠政策，但這裏所指的半稅是指以25％稅率為基準的半稅，也就12.5％，不像從前是從累積獲利才進入免稅期，而是只要營業有了收入，不管當年度有沒有獲利都視為免稅第一年。
關於取得高新技術企業的新舊規定差異值得台商留意，如認定條件比以往更嚴格，必須在13個條件下（注釋4：《關於修訂印發〈高新技術企業認定管理工作指引〉的通知》（國科發火〔2016〕195號）規定的認定條件為七大項，認定條件大多是降低了要求，如原來要求科技人員占比30％以上，降為科技及研發人員占比不低於10％，研發費用占比降低），證明企業擁有核心自主的知識產權；江蘇省甚至頒布高新技術企業的測評工作手冊，根據四大指標要超過70分（注釋5：《關於修訂印發〈高新技術企業認定管理工作指引〉的通知》（國科發火〔2016〕195號）中企業創新能力主要從智慧財產權、科技成果轉化能力、研究開發組織管理水準、企業成長性等四項指標進行評價。各級指標均按整數打分，滿分為100分，綜合得分達到70分以上（不含70分）為符合認定要求），才有機會被認定為高新技術企業，被認定後的有效期限也由二年增為三年；而且國家重點支持的高新技術領域由原來的11類調整為八類，在一些子目錄上也有調整。
最要留意的是，申請高新技術企業必須由企業自己，或會計師事務所出具很多特定數字或是涉及環境評估的報告，新法中特別規定，一旦發現或被檢舉有造假行為，除吊銷之前的高新技術企業資格，補交減免的稅收外，五年內不得再申請被認定為高新技術企業（注釋6：科技部、財政部、國家稅務總局聯合發布《關於修訂印發〈高新技術企業認定管理辦法〉的通知》（國科發火〔2016〕32號），取消了造假的高新技術企業五年內不得再申請的規定）。