兩岸稅收協定影響台灣居民在大陸納稅
兩岸稅收協定除對台灣公司造成影響外，對於在大陸工作的台幹或有大陸來源所得的台灣個人都應了解可適用的稅負減免優惠，特別要注意的是稅收協定將部分所得的課稅權歸屬台灣國稅局，減少在大陸的繳稅金額，大陸稅務局應會要求提供有在台灣申報的證明文件，想要適用者就需在兩岸申報所得，因此在協定正式實施後，台灣個人除了注意可享有的租稅減免外，還需了解兩岸稅務局要求的相關資料以適用兩岸稅收協定的租稅優惠。
「兩岸稅收協定」對台灣居民納稅影響具體表現在工資薪金與勞務報酬、權利金收入與利息收入、股息紅利所得、財產租賃所得、財產轉讓所得等五大方面。
「兩岸稅收協定」對台灣居民在大陸繳納個人所得稅也進行了規定，協定生效前後有明顯差異，值得台籍個人多加注意。
一、工資薪金和勞務報酬
「兩岸稅收協定」中將個人勞務所得分為七大類，較常見的是「個人獨立勞務」和「受雇勞務」，「個人獨立勞務」是指個人所得稅法中的「勞務報酬」，也就是為特定工作在大陸境內所收取的專項收入；至於「受雇勞務」是指個人所得稅法中的「工資薪金」，也就是在大陸每個月從企業領到的薪資。
這兩項收入是否在大陸徵稅，與台籍個人在大陸居留時間有密切關係，現行規定是在一個納稅年度中，台灣居民在大陸境內累計或連續居住不超過90天，在境外支付的所得可在大陸免繳所得稅。
此次「兩岸稅收協定」放寬了時間上的要求，除了累計居住時間從一年90天延長為183天外，也把1月1日到12月31日的「一個納稅年度」，修改為從任何一次入境所在月份起，往後計算的連續12個月；或是任何一次離境所在月份起算，往前推的連續12個月，這樣的定義讓台籍居民納稅計算時段有可能跨越兩個年度。
二、權利金收入和利息收入
「權利金收入」指的是特許權使用費所得，現行政策台籍個人取得來源於大陸的權利金和利息收入，都要繳納20％個人所得稅，但「兩岸稅收協定」將此稅率降為7％，明顯低於現行的20％稅率，要注意的是，目前台籍個人在大陸的存款利息收入屬於免徵個人所得稅範圍，這部份「兩岸稅收協定」生效後仍是免稅。
三、股息紅利所得
「兩岸稅收協定」規定台籍個人投資持股超過25％情況下，股息紅利所得的稅率不超過5％，其他所得稅率仍為10％，但因為大陸目前對外籍個人免徵股息紅利所得稅，所以「兩岸稅收協定」生效後應會繼續免徵。
但大多數台籍個人都是通過第三地境外公司投資大陸，由於大陸端的境外第一層股東不是台灣居民，所以當股息紅利匯出給境外母公司時，不適用5％的優惠稅率，仍執行現行的10％利潤匯出所得稅稅率。
四、財產租賃所得
台籍個人在大陸取得不動產租賃收入，現行規定須在大陸課稅，這部份「兩岸稅收協定」仍維持現行規定無任何變化。
五、財產轉讓所得
目前台籍個人取得來源於大陸的財產轉讓所得，包括股權、不動產、車輛、無形資產（專利、專有技術、商標權），都須要在大陸繳納20％個人所得稅，這部份「兩岸稅收協定」有重大改變。
（1）台籍個人轉讓大陸不動產在大陸課稅；（2）轉讓大陸股權，若該股權價值50％以上直接或間接來自大陸不動產，也須在大陸課稅；（3）若轉讓大陸股權收益在台灣免稅，且轉讓前12個月內，該台灣居民曾直接或間接持股達到25％，也須在大陸課稅。
除此之外，台籍個人轉讓財產所得皆須在台灣納稅，例如台籍個人轉讓無形資產或在大陸的公司股權（除以上兩種特殊情況外），都須在台灣納稅。