兩岸租稅協議對無根台商的衝擊
無根台商多是由台灣個人透過免稅天堂設立的境外公司投資大陸，兩岸租稅協議特別納入實際管理處所的概念，讓境外公司視為台灣公司在台申報課稅以適用協議。此舉將讓台灣國稅局掌握境外公司的獲利情況，再加上尚未實施的受控外國公司規定，未來境外公司將被穿透或被視為台灣公司申報課稅，繳稅時間將提前至大陸實質營運公司利潤分配時。台商應仔細思考兩岸租稅協議造成的影響，及時調整境外公司承擔的功能以降低衝擊。
過去無根台商在台灣的納稅情況屬於模糊狀態，隨著兩岸租稅協議生效，未來將對無根台商稅收成本產生實質影響。
目前在大陸投資的台商若以股權結構劃分，有以台灣公司當主體，透過BVI等第三地境外公司進入大陸投資，或是更多屬於台灣個人先投資設立第三地境外公司，再進入大陸投資，後者的真實收入情況台灣稅務局很難掌握，但隨著兩岸租稅協議生效，將對無根台商在台灣納稅產生實質影響。
兩岸租稅協議本意是劃分兩岸間租稅權及減免相關稅負，達到降低兩岸間重複課稅的目的，但對無根台商而言，由於在台灣多無營運處所，加上是由台籍股東個人透過第三地境外公司前往大陸投資，過去納稅都是以實際營運地，也就是大陸所在地的稅務局為主，但兩岸租稅協議簽定後，對無根台商而言將從以下三方面產生納稅上的衝擊。
一、增加大陸地區所得透明度
兩岸租稅協議主要適用對象為兩岸居住者，大多數在大陸投資的台籍個人股東，在台灣仍保有戶籍，且從不同角度很容易被證明「生活及經濟重心均在台灣」，因此大多數無根台商被認定為「台灣納稅居民」毫無疑問，依現行兩岸人民關係條例，對台灣居民來源於大陸地區的所得，須被視為等同於來源於台灣的所得，不管是投資大陸的股利、處分股權收益等，均應併入個人所得稅在每年5月合併申報綜所稅。
問題是實務中很少在大陸經商的台商會主動申報大陸地區所得，就算是目前台灣上市櫃公司派駐在大陸地區的台籍員工，也很少會主動申報在大陸領取的酬勞，未來在兩岸租稅協議下，可能是為了取得租稅減免優惠，不得不向台灣稅務局主動申報，或是被動因台灣稅務機關要求大陸稅務機關提供台商在大陸的納稅資料，而不得不在台灣申報來源於大陸地區的所得，總而言之，台灣稅務機關未來可主動掌握在大陸工作的台灣個人或是設立在大陸的台資企業，在大陸的所得來源資訊，這將促使更多大陸台商最終必須如實在台灣申報來源於大陸的所得。
二、改變回台上市櫃企業的繳稅時間點
從兩岸租稅協議角度看待回台F上市櫃的開曼控股公司，萬一被認定為實際管理處所在台灣，單以股利分配為例，由於開曼公司未實質營運，無法有足夠現金支付股利發放，一般都是由大陸境內的實質營運公司，以分配股利方式將利潤從大陸境內匯往境外的開曼公司，匯出利潤前須在大陸先繳納10％的利潤匯出所得稅，雖然未來在兩岸租稅協議下，這個稅率將降至5％，但利潤在匯出至開曼公司，還未分配給股東前，就可能會因開曼公司被認定為台灣公司而先被課稅，也就是課稅時間點將比過去提前，至於如何抵扣之前在大陸繳納的5％利潤匯出所得稅？或是股利到底該如何課稅？都得等台灣稅務機關進一步公布操作細節。
三、境外公司須增加透明度
上述無根台商若想適用兩岸租稅協議的稅收好處，得先向台灣稅務機關申請被認定為台灣納稅居民身分，如此一來，將大大增加台灣國稅局對無根台商收入情況的了解，進而增加被關注的機會。